Episodio 1: CRUZADA 
Clark vuelve a Smallville, pero como Kal-El, intentando cumplir su destino. Martha convencida de salvar a su hijo, contacta a la ayudante del Dr. Swann, Bridgette Crosby, y conoce una nueva forma de kryptonita.
Lois Lane llega a la ciudad para investigar el asesinato de su prima Chloe, Lana en Paris tiene una nueva personalidad y novio, Jonathan Kent esta en coma y Lionel disfruta de su nueva vida en prisión.

Episodio 2: DESAPARECIDA
Clark y Lois investigan el aparente asesinato de Chloe, pero son detenidos por un oficial de la armada, el general Sam Lane, que resulta ser el padre de Lois, ella sospecha de que su padre conoce un poco más de lo que aparenta sobre la muerte de Chloe. Clark descubre que Sam tuvo recientemente una reunión con Lex. Lana vuelve de Paris y Jason trata de continuar la relación siguiéndola a Smallville. Sospechando que Chloe aún esta viva, Lionel manda a un asesino, que es capaz de cambiar su cuerpo en metal y así impedir que testifique en su juicio. Lois y Clark la salvan y logra testificar definitivamente contra Lionel.

Episodio 3: FACHADA
Una chica muy tímida del colegio decide realizarse una cirugía plástica para aumentar su popularidad, pero las cosas se salen de control cuando descubre que su cirugía, basada en kryptonita daña a cualquiera que ella bese. Lana y Jason siguen ocultando su relación a Clark, Lois en su primera investigación como periodista, comienza a recolectar información, logrando desenmascara a la clínica de cirugía y llevándose los aplausos por su primer reportaje.

Episodio 4: ESCLAVOS DEL AMOR 
Clark se une al equipo de fútbol del colegio y le dan la posición de quarterback, después de que el antiguo se pelea con el nuevo asistente del entrenador, Jason. Curioso sobre el comportamiento extraño que sufrió, repentinamente, su compañero de equipo, Clark y Lois descubren que las animadoras están envenenando el agua del equipo con kryptonita convirtiendo a los jugadores en novios ideales y súbditos de ellas.

Episodio 5: CORRER 
Después de que a Jonathan le robaran la billetera, Clark persigue al ladrón, pero no consigue alcanzarlo. El ladrón llamado Bart, aparece en la granja e intenta convencer a Clark de abandonar Smallville y seguir una vida juntos, usando sus super-poderes. Lex compra un pergamino con símbolos kryptonianos y Clark descubre de que hay un mapa oculto en él, pero cuando Bart roba el manuscrito, Clark debe decidir a quién salvar.

Episodio 6: TRANSFERENCIA 
Clark escucha un ruido extraño y es atraído hacia la prisión en la cual está prisionero Lionel, cuando lo ve que intenta atacar a Lex con una piedra luminosa, Clark detiene a Lionel, pero la piedra realizó su efecto cambiando los cuerpos de ambos. Lionel aprendiendo que su cuerpo tiene superpoderes empieza a crear el caos en Smallville, Clark tras las barras y sin poderes, debe encontrar una manera de salir de allí, recuperar su cuerpo y poder salvar a sus amigos.

Episodio 7: AVE DEL MAL AGÜERO 
Chloe investiga las apuestas ilegales organizadas en su escuela por un estudiante de intercambio llamado Mikail Mxyzptlk, descubriendo que el joven se dedica a controlar a los jugadores. Mikail al descubrirla, la secuestra y amenaza con matarla. El único que puede ayudarla es Clark quien debe perder el partido. Lex, enterado de la situación, amenazada a Mikail con deportarlo, pero no sin antes ofrecerle un trato.

Episodio 8: HECHIZO 
Después de que Lana leyera un libro escrito en el siglo 17, ella, Lois y Chloe son poseídas por tres brujas que habían sido quemadas en la hoguera. Ahora han vuelto para vengarse y en busca de los tres cristales de kryptonita. Clark intenta pararlas, pero le quitan sus poderes y le obligan a que les diga dónde escondió el cristal.

Episodio 9: ATADO 
Lex es acusado del asesinato de una chica, después de una cena de gala, Clark intentará probar su inocencia y pide ayuda a la última persona que se podría imaginar, Lionel Luthor. Lionel jurando que ha cambiado le ayuda a salvar a su hijo, a cambio de algo. Lana conoce a la madre de Jason, pero una noche antes tiene sueño del siglo 17, donde aparecía la madre de Jason.

Episodio 10: SUSTO 
Un experimento de la fabrica de Lex sale mal y libera una toxina muy peligrosa a la atmósfera, Lex y Clark intentan buscar un antídoto, mientras que todos los contaminados sueñan sus peores pesadillas.

Episodio 11: INSEGURO
Alicia vuelve a Smallville, los médicos le dan de alta del Hospital y vuelve para empezar otra vez un romance con Clark, quien poco a poco se siente más a gusto con ella. Siente que puede estar con Alicia por ella sabe su secreto, pero cuando ella intenta ir más lejos en la relación, el duda y ella al ver esto decide usar kryptonita roja. Ahora el Clark “rebelde” emerge y decide llevarse a su nueva enamorada a Las Vegas para poder casarse.

Episodio 12: PARIAH 
Clark se preocupa porque Alicia, es la principal sospechosa, de un ataque a Lana y Jason. Al principio Clark la defiende, pero cuando todas las pruebas apuntan lo contrario, no le queda más remedio que dudar. Ofendida por la decisión de Clark, ella decide mostrar los poderes de Clark a Chloe. La madre de Jason hace una visita al pueblo de Smallville para hacerle una propuesta a Lex.

Episodio 13: RECLUTA 
Clark ha sido invitado a Metrópolis para conocer las instalaciones de la universidad, además de ver todo lo que le ofrecen ha cambio de jugar para ellos, pero Lois que estadía allí se ve implicada en un delito, al dejar paralítico a uno de sus compañeros, a pesar de no haberle hecho nada. Chloe y Clark investigan este extraño suceso y Clark verá que ser jugador profesional requiere demasiados sacrificios.

Episodio 14: KRYPTO 
Mientras Lois estaba conduciendo por la carretera, accidentalmente atropella a un perro y lo lleva a casa de los Kent para que se recupere. Clark, se da cuenta de que no es un perro cómo los demás, es capaz de arrastrar el tractor de la granja y romper postes de madera. Clark y Lois averiguan que el perro es el resultado de un experimento fallido de LuthorCorp y que esta siendo usado para cometer robos. Clark y Lois dan con los ladrones, pero Clark debilitado por kryptonita, debe aceptar que el perro lo salve esta vez.

Episodio 15: SAGRADO
Después de descubrir que Jason y Lex están en China en busca de una de las piedras de poder. Clark y Lana viajan con la esperanza de encontrarla ellos primero. Clark e Isabel, la bruja que otra vez ha poseído el cuerpo de Lana, encuentran la piedra y deberán pelear para saber quién es el poseedor de la piedra.

Episodio 16: LUCY 
La hermana menor de Lois, Lucy, llega a Smallville, utiliza su encanto con todos a los que conoce y comienza a tramar su siguiente fraude. Clark descubre una cara secreta de Lucy, después de que la vea robando en el Talón y la obligue a decir sus verdaderas intenciones sobre su llegada a Smallville. Una verdad que pone a Lois en grabe peligro. Mientras tanto, la piedra de poder desaparece del apartamento de Lana y Jason culpa a Lionel.

Episodio 17: ONYX 
Una explosión de kryptonita, resultado de un experimento fallido, parte a Lex en dos. Su lado malo - Alexander - es revelado e inmediatamente encarcela a Lex en la mansión. Así Alexander empieza a tomar posesión de todo, inclusive tratar de matar a Clark y Chloe, convence a Lionel que vuelva a su lado oscuro y finalmente, amenaza con cerrar el Talón, a menos que Lana lo acepte como novio.

Episodio 18: ESPIRITU 
Chloe ha sido nominada a “Reina del Baile” e intenta convencer a Clark y Lana de que vayan al Baile con ella, pero su rival, una reconocida animadora del equipo de fútbol, sufre un accidente y su espíritu es liberado, así toma los cuerpos de otras personas y comienza su venganza.

Episodio 19: VACIO 
A causa de un incidente con un joven que tiene la capacidad de borrar los últimos 5 minutos de la personas, Clark pierde la memoria y se ve obligado a enfrentarse a sus poderes, sin saber que los tiene, mientras Chloe intenta protegerlo y ayudarlo a recuperar sus recuerdos.

Episodio 20: ETERNO 
Lana y Clark se convierten en padres adoptivos de un extraño niño que ha sido encontrado en medio de los maizales, todo seria normal, pero el pequeño comienza a crecer rápidamente, llamando la atención de todos. Clark pide ayuda a Lex, pero no hay forma de ayudarlo sin un transplante de algún familiar, por lo que Clark decide comenzar su búsqueda.

Episodio 21: POR SIEMPRE 
Clark deberá detener al fotógrafo de la escuela, quien trastornado por el fin de clases decide comenzar a secuestrar a los estudiantes, para que estos vivan en ella para siempre. Lionel y Lex son secuestrados por Jason y su madre, quienes quieren recuperar la piedra, pero al darse cuenta de que la tiene Lana, decide poner punto final a la búsqueda.

Episodio 22: COMIENZO 
Comienza la cuenta regresiva, nuevamente meteoritos se dirigen a la tierra. Clark tiene una pesadilla en la que presiente que algo horrible va a suceder y se dirige a la cueva en busca de alguna respuesta por parte de Jor-el, su padre biológico, quien le dice que debe reunir las tres piedras inmediatamente, sino un desastre catastrófico caerá sobre la tierra. Lex ayuda a Lana a escapar, luego que ella matara a la madre de Jason, poseída nuevamente por Isabel. Chloe intenta que Lex no descubra la verdad sobre Clark, al descubrir que esas piedras están conectadas directamente a él. Jasón toma cómo rehén a Jonathan y Martha y obliga a Jonathan a que le diga dónde Clark guarda las piedras, sino matará a Martha. Mientras esto sucede los meteoritos están cada vez más cerca y ni siquiera Clark podrá detenerlos. Ocurrirá lo más inesperado en la tierra, la que se verá amenazada, por algo más que sólo meteoritos.