EPISODIO 1: VÓRTICE

Clark rescata a Lana del centro del tornado, esto será su primer contacto con su poder de volar. Su padre ha quedado enterrado en un viejo búnker junto al periodista sin escrúpulos que ha descubierto su secreto. Mientras tanto, Lex duda entre salvarle la vida a su padre o dejarle morir; finalmente lo salva, pero Lionel queda ciego. Por otro lado, Chloe deja a Clark, porque no desea vivir un engaño. Finalmente Clark encuentra a su padre y al reportero, pero la kryptonita que hay en refugio lo deja sin fuerzas. El periodista está apunto de asesinar a Jonathan, pero Lex aparece y le dispara.

EPISODIO 2: CALOR

Clark debe esconderse, porque ha descubierto un nuevo poder que está fuera de control y con el que casi hiere accidentalmente a Lana, provocando un incendio en su café: su visión calorífica. Con la ayuda de su padre y mucha perseverancia, logra controlarlo a voluntad. Por otro lado, una nueva profesora sufrió un accidente con kryptonita que le dio control para producir feromonas y seducir a cualquier hombre, para que actúe a su voluntad, y lo utiliza para convencer a Lex que se case con ella y hechizar a Jonathan para que lo asesine. Clark debe buscar una manera para evitar que su padre cometa un error.

EPISODIO 3: DUPLICIDAD

Pete descubre una nave espacial en el maizal, obviamente es la de Clark, que desapareció durante el tornado. Clark revela su secreto a Pete, pero éste reacciona mal, lo que le hace cuestionar a Clark la lealtad de su mejor amigo. Finalmente Pete comprende y entra a formar parte de la familia Kent, al saber la verdad sobre Clark, convirtiéndose en aliado y compañero.

EPISODIO 4: EL METEORITO ROJO

La escuela usa, sin saberlo, kryptonita roja en los anillos de fin de curso y su efecto en Clark sorprende a sus amigos y familiares, porque se convierte en un adolescente rebelde y peligroso, que decide utilizar sus poderes para hacer el mal, ya que así como la verde afecta a su cuerpo, la roja le trastorna la mente.
Jonathan y Martha intentan descubrir por qué Clark se comporta de esa manera. Mientras, Lana se siente atraída hacia el nuevo Clark, quien, además, declara su amor por ella. Pete descubre lo de los anillos, y entre él y Jonathan ayudan a Clark.

EPISODIO 5: NOCTURNO

Lana en la tumba de sus padres, donde ella suele ir por las noches a hablar con ellos, y le advierte que tenga cuidado del misterioso poeta. Harta de sentirse sobreprotegida por Clark, Lana conoce al extraño y descubren que sus padres lo tienen encadenado. Clark y Pete intentar salvarlo, pero descubrirán demasiado tarde los motivos por los que el joven estaba encerrado. Producto de un experimento farmacéutico financiado por la Luthor, se convierte en un monstruo sin control cuando se expone a la luz del día.

EPISODIO 6: RENACER

Una estudiante parece tener el poder de rejuvenecer y mantenerse joven, gracias a la energía de otros jóvenes que misteriosamente mueren en Smallville. Además, la granja está pasando apuros financieros pese a la decisión de Martha de trabajar con Lionel. Ella recurre a su padre, del que se había distanciado a causa de las diferencias entre él y Jonathan, y del temor a que no aceptar el secreto de Clark.
Clark reúne a su padre con su abuelo, pero no resulta como lo planeado. Mientras, Lana descubre una vieja fotografía de su madre con otro hombre y con la ayuda de Lex descubre que durante un período de separación de sus padres, su madre se quedó embarazada de ella y que su padre biológico podría estar vivo.

EPISODIO 7: GENEALOGÍA

Una misteriosa y perturbada mujer aparece en Smallville diciendo que es la madre biológica de Clark y que su padre es Lionel Luthor. Esto obliga a los Kent a contarle la verdad a Clark, quien descubre por qué su padre odia a los Luthor, cómo fue arreglada su adopción y cómo Lionel se aprovechó de la situación para convencer a Jonathan a que respaldara sus acciones financieras en Smallville, y que Jonathan rescató, realmente, a Lex del borde de la muerte.
Lex descubre que la mujer que asegura ser madre de Clark, es una de las muchas amantes de su padre, y se plantea la posibilidad de ser hermano de Clark. Finalmente se descubre que no es la madre de Clark, después de que con ayuda de Pete falsifican unas pruebas de ADN. Lex es secuestrado y casi asesinado por la mujer, pero Clark interviene.

EPISODIO 8: RYAN

Clark usa sus poderes para salvar a su joven y telepático amigo Ryan, de las manos de un doctor que quiere controlar sus habilidades.
Nell, la tía de Lana le dice que van a mudarse a Metrópolis, y ella se niega, y Chloe le ofrece la posibilidad de quedarse en su casa.
Clark debe encontrar evidencias para conseguir que Ryan quede libre, pero él está enfermo de un tumor cerebral que le otorga su poder, y finalmente muere, con lo que Clark queda desolado al perder a lo más parecido a un hermano pequeño que ha tenido jamás.

EPISODIO 9: DICOTOMIA

Clark intenta advertir a Lana y a Chloe sobre Ian, un magnífico estudiante nuevo que está saliendo con las dos chicas a la vez. Ellas acusan a Clark de celos y, más tarde, se dan cuenta de que Clark tenía razón y de que Ian tiene el poder de duplicarse.
Lex está muy enojado con su padre y de rabia rompe el parabrisas del auto del vigilante de seguridad de un parking. Lex decide ir a una clase de control de temperamento donde conoce a una doctora del Hospital de Smallville, de la que se enamora.
Clark tiene que apresurarse para salvara a las sus amigas del ataque de Ian.


EPISODIO 10: LOS MUTANTES

Clark y Pete van a hacer motocross. Clark se cae en una cueva y descubre dos tesoros: escrituras indígenas antiguas que esconden en enigma una especie de profecía sobre él y su llegada a la Tierra como futura fuerza del bien, y una muchacha india que cree que es su alma gemela y despierta los celos de Lana.
Desesperado por conservar las escrituras para averiguar algo de su origen, Clark provoca un enfrentamiento entre padre e hijo, cuando pide ayuda a Lex para evitar que la constructora de Lionel demuela las cuevas. Finalmente lo consigue, pero Lex guarda un as en la manga: dejará que su amigo investigue, y él también investigará, sorprendido por el repentino interés de Clark por esas pinturas.
La muchacha india, que es mujer lobo, estaba atacando a los constructores, y en un intento de asesinar a Luthor padre, muere en los brazos de Clark.

EPISODIO 11: APARICIONES

Whitney regresa a casa buscando retomar su relación con Lana, que queda aturdida y no sabe cómo decirle que no. Pero su comportamiento, bastante sospechoso y violento, hace que Clark se cuestione sus verdaderos motivos, revelando, finalmente, la verdad: no se trata de Whitney, sino de Tina, la chica obsesionada con Lana que tiene el poder de adoptar las formas que desea. Tina planeó su muerte para escapar del centro donde estaba recluida. Finalmente se descubre que Whitney ha muerto en combate, y Lana queda destrozada sintiéndose culpable.


EPISODIO 12: LA INSURRECCIÓN

Después de que Lex descubre que Lionel ha instalado cámaras ocultas en la mansión, Lex contrata a unos espías para instalar vigilancia en la oficina de Metrópolis de Lionel. Sin embargo, la situación se sale de control cuando Lionel y Martha sorprenden a los intrusos y son tomados como rehenes. Desesperado por buscar una manera de salvar a su madre, sin exponer sus poderes, Clark debe acceder a la oficina por el edificio del frente, nada menos que el “Daily Planet”, pero debe llegar en un solo salto.
Cuando los ladrones consiguen abrir la caja de Lionel, se descubre que sólo hay un montón de lingotes de kryptonita, un expediente confidencial sobre Clark y la pieza octogonal de la nave.

EPISODIO 13: EL SOSPECHOSO

Después de que Lionel recibe un disparo y queda en coma, Jonathan es arrestado. Clark y Pete realizan su propia investigación sobre el lugar del crimen y descubren que fueron otras personas las que intentaron herir a Lionel.
Lana se vuelve desconfiada cuando su padre, que es abogado, misteriosamente, rechaza la petición para defender a Jonathan, y descubre que fue hundido por la Luthor años atrás. Clark consigue dar con el verdadero agresor de Lionel, el sheriff del pueblo, que ha hecho complot para eliminarlo a costa de culpar a Jonathan, uno de sus mejores amigos de infancia.

EPISODIO 14: EUFORIA

Un parásito que vive en las cuevas de las pinturas sobre la profecía de Clark, infecta a Pete y a Chloe y les hacer ser atrevidos y amantes de lo arriesgado. Pete utiliza las rocas del meteorito rojo para convencer a Clark de ir todos juntos en busca de una aventura peligrosa. Clark, no sólo hace alarde de sus poderes, sino que también se enfrenta y amenaza a Lex, besa a Chloe en presencia de una Lana, que no da crédito a lo que está viendo, justo cuando parecía que al fin iban a salir juntos. Clark logra desprenderse de la piedra roja y tendrá que salvar la vida a sus amigos.

EPISODIO 15: EL HIJO PRÓDIGO

Lex finalmente localiza a Lucas, su hermano perdido. Las intrigas de Lionel ponen en peligro a los tres, Lex es echado de casa y todo lo que tiene le es arrebatado por su padre. No le queda más refugio que vivir una temporada con los Kent, reconciliándose así con Jonathan, que cambia su visión del joven.
Clark decide aceptar un trabajo en el Talon. Finalmente Lex recupera su fortuna y su empresa con una inteligente trampa que le tienden a Lionel entre él y su hermano, en la que descubre, además, que lleva tiempo fingiendo ser ciego tras haber recuperado la vista de nuevo.

EPISODIO 16: FIEBRE

Martha enferma por inhalar accidentalmente polvo de kryptonita, mientras enterraba en el sótano la llave de la nave de Clark. Clark se infecta también y Jonathan debe entrar en una base militar, donde han guardado la pieza de la nave para activarla y exponer a Martha y Clark a su poder curativo, tras enterarse de la sorprendente noticia de que durante el tornado, al parecer la radiación de la nave curó a Martha de su esterilidad, puesto que ahora está embarazada.

EPISODIO 17: LA PIEDRA DE ROSETTA

Clark tiene unos extraños sueños que están acosándole y decide utilizar la llave octogonal de la nave en el agujero idéntico de las cuevas, recibiendo una descarga que lo dota de conocimientos sobre su idioma natal, el kryptoniano. Al quemar accidentalmente el granero dejando un mensaje en kriptoniano, que Chloe publica en la prensa, es contactado por el doctor Virgil Swann, que ha descifrado un mensaje que llegó con la lluvia de meteoritos y que revela a Clark parte de los misterios sobre su origen: su nombre es Kal-El, de Krypton, pero Krypton ya no existe.

EPISODIO 18: EL VISITANTE

Clark comienza a creer que Cyrus, un compañero de colegio y que dice ser un extraterrestre, puede ser de su mismo planeta. El chico parece tener el poder de sanar con sus manos, lo que desconcierta a Clark, pero otros muchos indicios le dan que pensar que puede ser posible que él no fuera el último superviviente.

EPISODIO 19: PRECIPICIO

Unos estudiantes atacan a Lana en el café y Clark al defenderla, es demandado por una enorme suma que puede hacer que sus padres pierdan la granja.
Llega a Smallville, un viejo novio de la doctora Helen, la novia de Luthor, para reconquistarla y resulta ser un peligroso perturbado que está a punto de hacer que todo acabe en tragedia. Clark se verá entre la espada y la pared por ayudar a su amigo Lex y sus propios problemas con la ley.

EPISODIO 20: EL TESTIGO

Por casualidad, Clark es testigo de un robo a una furgoneta de LuthorCorp. Unos jóvenes que inhalan kryptonita fundida adquieren la misma fuerza que él. Para evitar que Clark vaya a la policía, los ladrones atacan a Jonathan y a Martha, Clark les pide a sus padres que se vayan a Metrópolis hasta que logre controlar la situación.

EPISODIO 21: CLONACIÓN

Lana cree estar viendo nada menos que el fantasma de su mejor amiga de niña, que murió en un accidente, ahogándose al caer por un puente sin que ella pudiese hacer nada por salvarla. Clark investigará y descubrirá que en realidad se trata, de un clon que ha hecho el padre de la niña financiado por Lionel Luthor.

EPISODIO 22: LA LLAMADA

Clark es padrino de la boda de Lex y debe hacer el discurso de la cena de ensayo. Lana, se muestra confundida por lo ocurrido entre Clark y ella la noche anterior, porque no quiere estropear su amistad.
El doctor Walden, el lingüista que entra en estado catatónico tras recibir la sobrecarga de información kryptoniana de la cueva, despierta obsesionado por matar a Clark para impedir que gobierne el mundo.
Chloe recibe su primer encargo de Lionel, investigar a Clark a fondo, y se niega. Al final del capítulo Clark y Lana olvidan sus temores y siguen adelante con lo suyo, pero Chloe los ve.
Clark escucha una misteriosa voz que lo llama desde su nave en el sótano: "Kal-El, es la hora...".

EPISODIO 23: EL ÉXODO

La nave es la memoria de Jor-El, el padre biológico de Clark, y le advierte que al mediodía deberá obedecer todas sus órdenes y apartarse de todos los humanos que le importan. Clark no está dispuesto a aceptar su destino impuesto y quiere destruir la nave, creyendo ese el único modo de evitarlo.
Lionel ha conseguido crear una réplica en kryptonita de la llave de la nave, para introducirla en la cueva y averiguar el secreto, y Clark con ayuda de Pete la roba, y destruye la nave con ella. La onda expansiva de la nave hace que los Kent sufran un accidente, cuando vuelven a casa en la camioneta, para impedir que Clark haga alguna locura, y Martha pierde al bebé que esperaba.
Jonathan no puede ni mirar a Clark a la cara, y Clark toma la dura decisión de marcharse lejos de todos, sintiéndose hundido y culpable. Se pone un anillo de kryptonita roja, para poder abandonar Smallville, a sus padres y a Lana.
Por su parte, Chloe, herida de amor por Clark y Lana, sabiendo que están juntos, decide aceptar la oferta de Luthor. Y Lex, recién casado, ha subido al avión para irse con Helen a su luna de miel, despierta sólo, sin nadie, con los controles destrozados y se estrella contra el océano, en lo que todo apunta a la traición de Helen con Lionel.
El dramático capítulo y la temporada terminan con una imagen de Clark en la moto, en dirección a quién sabe qué lugar, y la voz en off de Jor-El diciendo: "Me obedecerás, Kal-El".